줄포만은 갯벌 오염도가 낮아 다양한 생물종이 서식하는 등 생태계가 전반적으로 양호했다. 갯벌의 퇴적토양은 탁월했다. 알류미늄·구리·아연 등 주요 중금속 8종 모두 미국해양대기관리청의 기준치 이하로 나타났으며, 카드뮴·비소·수은은 검출조차 되지 않았다. 퇴적토양이 건강하다 보니, 연체동물·극피동물·갯지렁이·갑각류 등 102종의 저서동물이 관찰됐으며, 1㎡당 평균 570마리가 서식 밀도도 높았다.

따라서 저서동물을 먹잇감으로 살아가는 물새도 다양하게 서식했다. 고창 쪽은 모두 65종에 1만1000마리, 부안 쪽은 65종에 4746마리가 관찰됐다. 고창과 부안 모두 괭이갈매기와 중부리도요가 많았다.

줄포만에는 천연기념물과 멸종위기종 등 법적보호종도 10종이 관찰됐다. 고창 쪽은 노랑부리저어새(천연기념물 205-2호)와 매(천연기념물 323-7호), 청다리도요사촌(멸종위기 1급)과 알락꼬리마도요(멸종위기 2급) 등 7종이 발견됐다.

고창·부안갯벌은 국제협약인 람사르 보호습지로 등록됐으며, 유네스코 세계유산 우선 등재 신청권을 받아 준비 중에 있다.